Η μακραίωνη ελληνική παρουσία στη Μικρά Ασία τερματίστηκε μετά τον ξεριζωμό του ελληνικού στοιχείου το 1922. Η Συνθήκη της Λωζάνης (24 Ιουλίου 1923) καθόριζε τα νέα σύνορα των δύο εμπλεκόμενων χωρών, της Ελλάδας και της Τουρκίας και η ελληνοτουρκική Σύμβαση (30 Ιανουαρίου 1923) περί ανταλλαγής των πληθυσμών που συμπεριλήφθηκε στο κείμενο της συνθήκης καθιέρωνε για πρώτη φορά την υποχρεωτική μετακίνηση πληθυσμών.
Η Συνθήκη της Λωζάνης παρά τις έντονες αντιδράσεις των προσφύγων εφαρμόστηκε αμέσως. Η τουρκική πλευρά άρχισε να καταπατά τα δικαιώματα των Ελλήνων ορθοδόξων κατοίκων που εξαιρέθηκαν από την ανταλλαγή: της Κωνσταντινούπολης, της Ίμβρου και της Τενέδου. Στην Κωνσταντινούπολη το 1925 υπήρχαν 250.000 Έλληνες, που αποτελούσαν το 1/3 του πληθυσμού της. Απώτερος στόχος της τουρκικής πολιτικής ηγεσίας ήταν η σταδιακή απομάκρυνση των Ελλήνων από την οικονομία της χώρας τους αλλά και γενικότερα από το προσκήνιο, έστω κι αν αυτό σήμαινε τον αφανισμό τους. «Η Τουρκία για τους Τούρκους» αποτέλεσε τη βασική ιδέα που έπρεπε να εφαρμοσθεί. Με το ελληνοτουρκικό σύμφωνο του 1930 η πολλαπλάσια ελληνική ανταλλάξιμη περιουσία, εξισώνεται με αυτήν που εγκατέλειψαν οι μουσουλμάνοι της Ελλάδας, η οποία ήταν πολύ μικρότερης αξίας. Από το 1932 το νέο καθεστώς απαγόρευε την άσκηση κάποιων επαγγελμάτων από αλλοδαπούς όπως οδοντίατροι, χειρουργοί, δικηγόροι, μηχανικοί, χημικοί, ράφτες, οδηγοί και υποδηματοποιοί, δημιουργώντας έτσι προβλήματα στη λειτουργία των μειονοτικών σχολείων, υποχρεώνοντας αρκετούς χιλιάδες ομογενείς να εγκαταλείψουν την Τουρκία. Το 1934 εξαναγκάζονται όλοι οι Τούρκοι πολίτες να έχουν τουρκόφωνα επίθετα. Το 1942 επιβλήθηκε ο βαρύτατος φόρος περιουσίας, το «βαρλίκι» σε μη μουσουλμάνους που είχε στόχο να τερματίσει την οικονομική πρωτοκαθεδρία των Αρμενίων, Ελλήνων και Εβραίων στην οικονομική ζωή της Τουρκίας. Ο φόρος αυτός ήταν διπλάσιος ή κάποιες φορές και τριπλάσιος της αξίας της περιουσίας τους και έτσι οι ιδιοκτήτες λόγω μη καταβολής του υφίσταντο κατασχέσεις περιουσιών και στέλνονταν σε καταναγκαστικά έργα. Κατά τη διάρκεια του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου η τουρκική κυβέρνηση γενίκευσε το μέτρο των ταγμάτων εργασίας (αμελέ ταμπουρού) για τους μη μουσουλμάνους άνδρες ηλικίας μεταξύ 25-45 ετών που βοηθούσαν στην κατασκευή αεροδρομίων, οδικών και άλλων έργων στα βάθη της Μικράς Ασίας.
Η κυρίαρχη τουρκική ιδεολογία, ο κεμαλισμός με την έντονη εθνικιστική χροιά είναι πλέον εμφανής παντού στο δημόσιο βίο της χώρας. Κάθε τι μη τουρκικό αποδοκιμάζεται, διώκεται και εξοντώνεται. Χαρακτηριστική η προτροπή: »Vatandaş türkçe konuş» (Συμπατριώτη να μιλάς τούρκικα), που απευθυνόταν σε ομόγλωσσους αλλά και αλλόγλωσσους Έλληνες, Αρμένιους, Κούρδους και Εβραίους.
Μετά το τέλος του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου, η κατάσταση για τους ομογενείς βελτιώθηκε καθώς η Ελλάδα βρέθηκε στο στρατόπεδο των νικητών ενώ η Τουρκία με τους ηττημένους. Τα χρόνια από το 1947 έως το 1955 υπήρξε μια αναγέννηση της ελληνικής μειονότητας στην Κωνσταντινούπολη. Η αντιπαράθεση του Ρεπουμπλικανικού Λαϊκού Κόμματος, που είχε ιδρύσει ο Μουσταφά Κεμάλ Ατατούρκ και ο διάδοχός του Ισμέτ Ινονού και του Δημοκρατικού Κόμματος των Τζελάλ Μπαγιάρ και Αντνάν Μεντερές που έπρεπε να διεκδικήσουν τις ψήφους των ομογενών για να επικρατήσουν στην πολιτική σκηνή, συνέβαλε στην ανάπτυξη των Ελλήνων ομογενών. Εκμεταλλευόμενη την συγκυρία η ελληνική κοινότητα ανασυντάχθηκε σε οικονομικό και πολιτιστικό επίπεδο, προκαλώντας παράλληλα το μένος των Τούρκων κατοίκων.
Το 1955 οι Έλληνες της Πόλης ανέρχονταν σε 180.000 σε σύνολο 1,5 εκατομμυρίου κατοίκων. Στην κυβέρνηση βρισκόταν το Δημοκρατικό Κόμμα με πρωθυπουργό τον Αντνάν Μεντερές. Η χώρα αντιμετώπιζε σημαντικά οικονομικά προβλήματα ενώ την ίδια περίοδο οι Ελληνοκύπριοι αγωνίζονταν για την ένωση της Μεγαλονήσου με την Ελλάδα, γεγονός που όξυνε την ήδη τεταμένη κατάσταση προκαλώντας το εθνικό αίσθημα των Τούρκων.
Στις 28 Αυγούστου 1955 ο Μεντερές ισχυρίστηκε δημόσια ότι οι Ελληνοκύπριοι σχεδίαζαν σφαγές κατά των Τουρκοκυπρίων. Στις 6 Σεπτεμβρίου, εκρήγνυται αυτοσχέδιος μηχανισμός στο Τουρκικό Προξενείο της Θεσσαλονίκης (στο σπίτι όπου γεννήθηκε ο Κεμάλ Ατατούρκ). Ως δράστης συνελήφθη από τις ελληνικές αρχές ο Οκτάι Εγκίν, ένας μουσουλμάνος σπουδαστής από την Κομοτηνή. Από την έκρηξη προκλήθηκαν μόνο μικρές υλικές ζημιές στα τζάμια του κτηρίου, αλλά οι τουρκικές εφημερίδες εκμεταλλεύτηκαν το γεγονός, μεγαλοποιώντας το. Παράλληλα, η ανησυχία της τουρκικής κοινωνίας για επιθέσεις Ελληνοκυπρίων εναντίον Τουρκοκυπρίων (όπως δημοσίευσε η εφημερίδα Hürriyet), πυροδότησαν το μίσος του όχλου για τους μη μουσουλμάνους συμπολίτες τους και προκάλεσαν έτσι διαδηλώσεις στην Πλατεία Ταξίμ το απόγευμα της ίδιας μέρας.
Στις 5 το απόγευμα, μαινόμενο πλήθος περίπου 50.000 ατόμων στράφηκε κατά των ελληνικών περιουσιών στο Πέραν αλλά και σε άλλες συνοικίες της Πόλης. Μικρές ομάδες 20 – 30 ατόμων φορτωμένοι με τσεκούρια, φτυάρια, ρόπαλα, αξίνες, σφυριά, σιδερένιους λοστούς και μπιτόνια βενζίνης, εφορμούσαν προκαλώντας ζημιές. Τα καταστήματα, οι κατοικίες και οι αποθήκες είχαν μαρκαριστεί από την προηγούμενη νύχτα με κόκκινο σταυρό ή τα γράμματα GRM από το gayrimüslim Rum (Μη μουσουλμάνος Έλληνας) ή με σβάστικες τα καταστήματα και οι κατοικίες των Εβραίων. Ακούγονταν συνθήματα όπως «Θάνατος στους γκιαούρηδες», «Σπάστε, γκρεμίστε, είναι γκιαούρης», «Σφάξτε τους Έλληνες προδότες», «Στο διάβολο οι Έλληνες» και «Κάτω η Ελλάς». Αργότερα κυριάρχησε το σύνθημα «Σήμερον η λεηλασία, αύριον η σφαγή»… Οι καταστροφές εξαπλώθηκαν σε ελληνορθόδοξους ναούς όπως της Αγίας Τριάδας στην πλατεία Ταξίμ, που κάηκε εσωτερικά αλλά και στα κοιμητήρια του Σισλί και Μπαλικλί όπου έσπασαν ταφόπλακες, άνοιξαν τάφους και έκαψαν σκελετούς. Άνδρες και γυναίκες βιάστηκαν, ενώ 16 Έλληνες έχασαν τη ζωή τους και 32 τραυματίστηκαν. Οι λεηλασίες κράτησαν μέχρι τις πρωινές ώρες της 7ης Σεπτεμβρίου, όταν επενέβη ο στρατός, καθώς η κατάσταση κινδύνευε να τεθεί εκτός ελέγχου. Μέχρι τότε, οι αρχές παρέμειναν απαθείς θεατές.
Έκτροπα κατά των Ελλήνων δεν έγιναν μόνο στην Κωνσταντινούπολη, αλλά και στη Σμύρνη. Το πρωί της 7ης Σεπτεμβρίου Τούρκοι εθνικιστές έκαψαν το ελληνικό περίπτερο στη Διεθνή Έκθεση της Σμύρνης. Στη συνέχεια, κατέστρεψαν το νεόκτιστο εκκλησάκι της Αγίας Φωτεινής, ενώ λεηλάτησαν σπίτια Ελλήνων στρατιωτικών, που υπηρετούσαν στο Στρατηγείο του ΝΑΤΟ.
Στην Άγκυρα έγιναν κατά κύριο λόγο μόνο φοιτητικές διαδηλώσεις διαμαρτυρίας, ενώ δεν σημειώθηκαν βιαιοπραγίες. Η τουρκική κυβέρνηση απέδωσε την ευθύνη για τα επεισόδια στους κομμουνιστές.
Η κυβέρνηση Παπάγου προσπάθησε να ανακινήσει το θέμα, αλλά χωρίς σημαντικά αποτελέσματα καθώς Αμερικανοί και Βρετανοί δεν ήταν διατεθειμένοι να ασκήσουν πιέσεις στην Τουρκία. Το οικονομικό κόστος των ζημιών στις ελληνικές περιουσίες ανήλθε σε 150 εκατομμύρια δολάρια, σύμφωνα με διεθνείς οργανισμούς, ενώ η ελληνική κυβέρνηση τις υπολόγισε σε 500.000.000 δολάρια. Η οικονομική αιμορραγία και ο φόβος ανάγκασαν χιλιάδες Έλληνες ομογενείς να μεταναστεύσουν στην Ελλάδα με αποτέλεσμα η ελληνική μειονότητα στην Τουρκία μετά τα Σεπτεμβριανά, να συρρικνωθεί σημαντικά.
Λίγα χρόνια αργότερα, μετά το στρατιωτικό πραξικόπημα του 1960, ο πρωθυπουργός Αντνάν Μεντερές, ο Πρόεδρος της Τουρκικής Δημοκρατίας Τζεμάλ Μπαγιάρ και οι υπουργοί Ζορλού, Κιοπρουλού και Πολάτ Κάν συνελήφθησαν και εκδικάστηκαν από στρατιωτικό δικαστήριο σχετικά με τις ευθύνες τους για τα Σεπτεμβριανά του 1955. Οι Μεντερές, Πολάτ Κάν και Ζορλού κηρύχθηκαν ένοχοι και καταδικάστηκαν σε θάνατο δια απαγχονισμού.
Τα Σεπτεμβριανά του 1955 αποτέλεσαν την κατάληξη μιας μεθοδευμένης και στοχευμένης προσπάθειας πολιτικής και οικονομικής εξόντωσης του ελληνισμού της Τουρκίας.
