Η επίδραση του στα παιδιά έχει δια βίου αποτελέσματα.
Τα θρεπτικά πλεονεκτήματα του θηλασμού και η προστασία που προσφέρει ενάντια στις λοιμώξεις είναι ήδη γνωστά. Είναι, όμως, εντυπωσιακό ότι η έρευνα συνεχώς ανακαλύπτει καινούριες ευεργετικές επιδράσεις του θηλασμού στο βρέφος αλλά και στην μητέρα.
Σύμφωνα με την επιγενετική, η έκφραση των γονιδίων ενός ανθρώπου μπορεί να υποστεί μεταβολές μέσω της αλληλεπίδρασης του οργανισμού με το περιβάλλον χωρίς όμως να συμβαίνουν αλλαγές στο DNA του οργανισμού αυτού. Με άλλα λόγια, το περιβάλλον, η διατροφή ή ο τρόπος ζωής μπορεί να μεταβάλλουν το πως «εκφράζεται» το γενετικό υλικό ενός οργανισμού και αυτές οι μεταβολές μπορούν να κληρονομηθούν στους απογόνους τους. Το φαινόμενο αυτό ονομάζεται γενετική αποτύπωση (genetic imprinting).
Η έρευνα για το μητρικό γάλα, κατά τις τελευταίες δύο δεκαετίες, έχει δείξει ότι το μητρικό γάλα είναι ένας σημαντικός παράγοντας γενετικής αποτύπωσης για το βρέφος, με πιθανά δια βίου αποτελέσματα.
Η γενετική αυτή αποτύπωση μπορεί να προκληθεί είτε άμεσα είτε έμμεσα. Ένας έμμεσος τρόπος είναι η επίδραση που έχει το μητρικό γάλα στο μικροβίωμα του βρέφους, δηλαδή στο σύστημα που αποτελείται από βακτήρια, ιούς, και μύκητες που βρίσκονται στο δέρμα, στόμα, μύτη, φάρυγγα, πνεύμονες, έντερο και στο ουρογεννητικό σύστημα. Η ικανότητα του μικροβιώματος να ρυθμίζει τις αποκρίσεις του οργανισμού στην παιδική ηλικία εξαρτάται από συγκεκριμένα βακτηριακά είδη, τα οποία ρυθμίζουν την ανοσολογική ρύθμιση, τον μεταβολισμό , τη λιπογένεση και πιθανώς ακόμη και την ανάπτυξη του εγκεφάλου και τις γνωστικές του λειτουργίες. Όταν δεν γίνεται φυσιολογική αποίκιση του οργανισμού από βακτήρια, τότε το ανοσοποιητικό σύστημα αλλά και ο μεταβολισμός του οργανισμού παρουσιάζουν μακροπρόθεσμα σοβαρά προβλήματα.
Aρχικά o τρόπος της γέννας θα καθιερώσει εάν η εντερική χλωρίδα της μητέρας (μέσω του κόλπου) ή η χλωρίδα του δέρματος των παρεβρισκόμενων στην γέννα (μέσω καισαρικής) θα αποτελέσουν τους αρχικούς βακτηριακούς εποικιστές στο μικροβίωμα του βρέφους. Στη συνέχεια, ο τρόπος σίτισης είναι ο δεύτερος καθοριστικός παράγοντας. Τα θηλάζοντα βρέφη διατηρούν επίμονες μικροβιακές διαφορές, ανεξαρτήτως του τρόπου γέννας, χάρις στους ολιγοσακχαρίτες του ανθρώπινου γάλακτος. Αξίζει να σημειωθεί ότι το ανθρώπινο γάλα περιέχει μια πολύ πιο ευρεία ποικιλία σακχάρων σε σχέση με το γάλα άλλων θηλαστικών: εως 8% της θερμιδικής του αξίας προέρχεται από δύσπεπτους ολιγοσακχαρίτες, οι οποίοι δρουν σαν προβιωτικά που υποστηρίζουν την ανάπτυξη συγκεκριμένων βακτηρίων. Δεν μπορούν να χρησιμοποιηθούν από τους περισσότερους εντερικούς οργανισμούς αλλά υποστηρίζουν την ανάπτυξη ενός συγκεκριμένου βακτηρίου (του Bifi dobacterium longum biovar infantis), το οποίο έχει εξελιχθεί ωστε να παράγει τα απαραίτητα ένζυμα για την αξιοποίηση αυτών των σακχάρων.
Η αλληλεπίδραση μεταξύ του μητρικού γάλακτος και του βρεφικού μικροβιώματος είναι ειδική και προκαλεί διαφορετικά αποτελέσματα στον μεταβολισμό και το ανοσοποιητικό σύστημα του κάθε βρέφους ενώ προσφέρει και συγκεκριμένα προβιωτικά. Ακόμη, το μητρικό γάλα περιέχει κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος της μητέρας που έχουν ωριμάσει στο μητρικό εντερικό σύστημα. Οι καισαρικές τομές, τα αντιβιωτικά κατά την περιγεννητική περίοδο και η αποτυχία θηλασμού είναι οι τρεις κύριοι παράγοντες που επηρεάζουν αυτή την διαδικασία εντύπωσης. Έρευνα πάνω στις ανοσολογικές απαντήσεις πρωτευόντων θηλαστικών (μαϊμούδων του είδους μακάκος) έδειξαν ότι υπήρχαν ξεκάθαρες διαφορές στην μικροβιακή σύσταση των εντέρων αλλά και στις ανοσολογικές αποκρίσεις μεταξύ αυτών που θήλαζαν και αυτών που τρεφόταν με γάλα σκόνη. Οι διαφορές αυτές, μάλιστα, παρέμειναν και στην ενήλικη ζωή τους.
Εκτός από τις αλλαγές που επάγονται μέσα από το μικροβίωμα, συγκεκριμένα συστατικά του μητρικού γάλακτος μπορεί να επηρεάζουν απευθείας τον επιγενετικό προγραμματισμό του βρέφους. Για παράδειγμα, περιέχει συστατικά όπως η προσταγλανδίνη και τα πολυακόρεστα λιπαρά οξέα μακριάς αλύσου τα οποία αναστέλουν την αρνητική επίδραση που έχουν πολυμορφισμοί του υποδοχέα στεροειδών ορμονών, PPAR, στον μεταβολισμό και την παχυσαρκία. Αξίζει να σημειωθεί ότι και η προστασία ενάντια στον καρκίνο του μαστού που προσφέρει, στις μητέρες, ο θηλασμός ενδέχεται να σχετίζεται με την τροποποίηση της λειτουργίας των υποδοχέων στεροειδών ορμονών.
Επίσης, το μητρικό γάλα περιέχει πολλά μικρά μόρια RNA (micro-RNAs), η παραγωγή των οποίων εξαρτάται και από την διατροφή της μητέρας, και τα οποία προβλέπεται ότι στοχεύουν και επηρεάζουν την λειτουργία πολλών γονιδίων στο βρέφος.
Τέλος, πειράματα έχουν δείξει ότι πολυδύναμα βλαστοκύτταρα εκλύονται στο μητρικό γάλα και τα οποία μεταφέρονται κατόπιν στο βρέφος. Σε έρευνες που έχουν γίνει πάνω σε θηλαστικά (ποντίκια) έχει αποδειχθεί ότι τα κύτταρα αυτά ενσωματώνονται στην συνέχεια στον οργανισμό του βρέφους και παίζουν λειτουργικό ρόλο στην μετέπειτα ζωή του. Αυτά τα ευρύματα δείχνουν ότι κάτι αντίστοιχο θα μπορούσε να συμβαίνει και στον ανθρώπινο οργανισμό.
Επομένως, το μητρικό γάλα δεν αποτελεί μόνο την ιδανική πηγή θρεπτικών συστατικών για το βρέφος αλλά πιθανώς και το πιο προσωποιημένο φάρμακο που θα μπορέσει ποτέ να έχει.
Ο θηλασμός, λοιπόν, αποτελεί μια τρομερή ευκαιρία γενετικής αποτύπωσης που δεν πρέπει να χαθεί.